Sběr, validace a publikace dat

zpět na přehled COVID‑19

Popisné schéma

Proces hlášení, zpracování a následné vizualizace dat, která popisují aktuální epidemiologickou situaci způsobenou novým typem koronaviru s odborným označením SARS-CoV-2, vyžaduje důkladnou validaci. Schéma níže vysvětluje, jak je pacient s podezřením na onemocnění COVID‑19 indikován lékařem nebo krajskou hygienickou stanicí (KHS) k odběru biologického vzorku dle metodiky KHS na odběrovém místě, jak putuje systémem a jakým způsobem je hlášení dále zpracováváno.

Proces hlášení, zpracování a následné vizualizace dat

Identifikace pacientů s onemocněním COVID‑19

Další schéma ukazuje, jak jsou data z Informačního systému infekčních nemocí (ISIN) na webu COVID‑19: Přehled aktuální situace v ČR publikována.

Publikace dat z Informačního systému infekčních nemocí (ISIN)

Publikace dat na webu COVID‑19: Přehled aktuální situace v ČR

Legenda

  • ISIN = Informační systém infekčních nemocí
  • LAB = Evidence laboratorních výsledků
  • KHS = Evidence validovaných pozitivních případů KHS
  • HOSP = Evidence hospitalizací

S ohledem na fakt, že u publikovaných dat probíhá validace a průběžné doplňování hlášení, jsou níže uvedené přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení KHS a laboratoří uváděny k datu hlášení do systému a historicky se nemění (případné opravy tedy nejsou do již publikovaných výstupů promítnuty).

  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a dle laboratoří a denní procentuální změna oproti dni předchozímu
  • Denní vývoj poměru (v %) počtu osob s nově prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) v daném dni

U ostatních přehledů se z důvodu validace a průběžného doplňování údajů mohou data zpětně změnit.

V případě dotazů se obraťte na adresu covid@uzis.cz (zodpovědný garant RNDr. Martin Komenda, Ph.D.).

Jak často jsou data pro jednotlivé grafové, mapové a tabulkové přehledy aktualizována?

Přehled Interval aktualizace
Aktuální souhrnné počty onemocnění koronavirem v ČR 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Sekce 1
Trendový profil epidemiologické situace 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Celkový (kumulativní) počet vyléčených a celkový (kumulativní) počet úmrtí 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 podle regionu 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Celkový (kumulativní) počet provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) 1× denně
Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a dle laboratoří a denní procentuální změna oproti dni předchozímu 1× denně
Sekce 2
Denní přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Denní přehled počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) 1× denně
Denní vývoj poměru (v %) počtu osob s prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) v daném dni 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Sekce 3
Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle KHS 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle pohlaví a věkových skupin (celkové kumulativní počty) 3× denně v 9.00 h, 17.30 h a 00.30 h
Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 dle KHS podle okresu 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS podle okresu 1× denně
Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 podle okresu 1× denně
Sekce 4
Přehled hospitalizací osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Sekce 5
Tabulkový přehled distribuovaného ochranného materiálu podle krajů ČR za Ministerstvo zdravotnictví 1× denně

Odpovědi na často kladené otázky a odpovědi

Jaká data na webu najdu?

Jedná se o data zadávaná krajskými hygienickými stanicemi (KHS) ve spolupráci s laboratořemi a Ministerstvem zdravotnictví. Konkrétně jde o:

  • Kumulativní a denní počty osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
  • Celkový počet provedených testů dle hlášení Státního zdravotního ústavu
  • Přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle validovaných hlášení krajských hygienických stanic
  • Přehled hospitalizací pacientů s COVID‑19
  • Přehled nákupů a distribuce ochranného materiálu dle hlášení Ministerstva zdravotnictví

Kromě jednotlivých přehledu ve formátu grafů a tabulek jsou k dispozici také otevřené datové sady, které poskytují podkladová data pro zmíněné grafy.

Proč se denní počty osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 uvedené na webu mohou lišit?

Přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID-19 v sekcích 1 a 2 jsou založeny na hlášeních krajských hygienických stanic a pověřených laboratoří z důvodu nutnosti publikovat aktuální souhrnná data. Oproti tomu sekce 3 obsahuje pouze ověřené záznamy dle hlášení krajských hygienických stanic, kde probíhá validace a průběžné doplňování hlášení. Níže uvedené přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID-19 dle hlášení KHS a laboratoří jsou uváděny k datu hlášení do systému a historicky se tedy nemění (případné opravy tedy nejsou do již publikovaných výstupů promítnuty).

  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a dle laboratoří a denní procentuální změna oproti dni předchozímu
  • Denní vývoj poměru (v %) počtu osob s nově prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) v daném dni

U ostatních přehledů se z důvodu validace a průběžného doplňování údajů mohou data zpětně změnit.

Proč nejsou na webu publikovaná data o počtech testovaných osob místo počtů testů (včetně opakovaných)?

Agregované informace o celkových denních počtech provedených testů (bez rozdílu způsobu úhrady, tedy včetně samoplátců) je zasílán Státním zdravotním ústavem a následně publikován na webu. Centrální evidence všech jednotlivých provedených testů s možností odlišení jednotlivých osob nebyla zavedena od samého začátku provádění testování, zpočátku byly centrálně evidovány pouze pozitivní výsledky a výsledky kontrolních vyšetření, a to především z důvodů kapacitní vytíženosti laboratoří. Centrální informační systém infekčních nemocí (ISIN), který umožňuje detailní sběr informací o pacientech, je od zahájení epidemie kontinuálně rozvíjen, rozšiřován a doplňován. V první fázi byla věnována pozornost zajištění korektního zprocesování velkého objemu testů ve spolupráci s pověřenými laboratořemi a počty o počtech testovaných osob nebyly k dispozici pro každodenní zveřejňování na webu. ÚZIS ČR připravuje automatizovaný import těchto dat do ISIN, který umožní systematickou evidenci všech testovaných osob.

Informace o změnách a rozšířeních

  • Verze 1 (12. března 2020)
  • Verze 2 (28. března 2020)
    • Zveřejnění otevřených datových sad.
    • Částečně nový obsah sekcí, na základě nově validovaných datových sad, zejména se jedná o přehledy o hospitalizovaných pacientech.
    • Rozšíření grafických a tabelárních reportů.
    • Nová sekce Zprávy a prezentace obsahující krátké reporty určené zejména pro média, či obecně pro edukační účely.
  • Verze 3 (14. dubna 2020)
    • Přidání nových informačních karet
      • Aktuální počet hospitalizovaných s onemocněním COVID‑19
      • Aktuální počet osob s prokázaným onemocněním COVID‑19 (bez vyléčených a úmrtí)
    • Nový graf Přehled počtu osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Změna detailního přehledu zemřelých
  • Verze 4 (27. dubna 2020)
    • Nový graf Trendový profil epidemiologické situace
    • Nový graf Celkový (kumulativní) počet vyléčených a úmrtí
    • Rozšíření přehledu hospitalizací pacientů s COVID‑19 o grafový přehled za posledních 14 dní a kompletní přehled za celé období
    • Nová otevřená datová sada COVID‑19: Celkový (kumulativní) počet osob s prokázanou nákazou dle krajských hygienických stanic včetně laboratoří, počet vyléčených, počet úmrtí a provedených testů
  • Verze 5 (13. května 2020)
    • Zpětné doplnění a aktualizace denních počtů provedených testů dle hlášení pověřených laboratoří ve spolupráci se Státním zdravotním ústavem.
    • Nová sekce Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS
    • Vylepšení sekce Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19
    • Z důvodu srozumitelnosti a odstranění duplicitních přehledů byly spojeny dva samostatné grafy denních přehledů nakažených osob a provedených testů do jednoho grafu s názvem Přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Drobné korekce a modifikace popisných informací u jednotlivých přehledů
    • Úprava přepočtu v kartogramu Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 podle regionu
    • API (v2): Nové otevřené datové sady
      • COVID‑19: Přehled epidemiologické situace dle hlášení krajských hygienických stanic podle okresu
      • COVID‑19: Přehled vyléčených dle hlášení krajských hygienických stanic
      • COVID‑19: Přehled úmrtí dle hlášení krajských hygienických stanic
    • Nová struktura statických informačních stránek
    • Přidání užitečných odkazů na relevantní portály věnující se aktuální epidemiologické situaci
  • Verze 6 (19. května 2020)
    • Zpětná úprava grafů denních přehledů z důvodu zachování původní srozumitelnosti v reakci na často se opakující požadavky a podněty uživatelů
      • Přidání: Denní přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
      • Přidání: Denní přehled počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
      • Odebrání: Přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Nově přidané grafy přehledů dle KHS podle okresu
      • Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 dle KHS podle okresu
      • Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS podle okresu
      • Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 podle okresu
    • Nový report COVID‑19: metodický rozbor (zemřelí) v sekci zprávy a prezentace
zpět na přehled COVID‑19