Sběr, validace a publikace dat

zpět na přehled COVID‑19

Popisné schéma

Proces hlášení, zpracování a následné vizualizace dat, která popisují aktuální epidemiologickou situaci způsobenou novým typem koronaviru s odborným označením SARS-CoV-2, vyžaduje důkladnou validaci. Schéma níže vysvětluje, jak je pacient s podezřením na onemocnění COVID‑19 indikován lékařem nebo krajskou hygienickou stanicí (KHS) k odběru biologického vzorku dle metodiky KHS na odběrovém místě, jak putuje systémem a jakým způsobem je hlášení dále zpracováváno.

Proces hlášení, zpracování a následné vizualizace dat

Identifikace pacientů s onemocněním COVID‑19

V případě dotazů se obraťte na adresu covid@uzis.cz (zodpovědný garant RNDr. Martin Komenda, Ph.D.).

Jak často jsou data pro jednotlivé grafové, mapové a tabulkové přehledy aktualizována?

Přehled Interval aktualizace
Aktuální souhrnné počty onemocnění koronavirem v ČR 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Základní přehled
Trendový profil epidemiologické situace 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 podle regionu 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Vývoj denního poměru (v %) počtu osob s nově prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) 1× denně
Denní přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Vývoj podílu hospitalizovaných osob s laboratorně potvrzenou nákazou onemocněním COVID‑19 na celkovém počtu osob s aktuálně aktivním onemocněním COVID‑19 1× denně
Denní přehled počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 a úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 dle hlášení KHS 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Stupně pohotovosti
Stupně pohotovosti a opatření vyplývající z aktuální epidemiologické situace v ČR podle aktuální epidemiologické situace, typicky 1× týdně
Krajské zpravodajství
Trendový profil epidemiologické situace 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Denní přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 a úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 dle hlášení KHS 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle pohlaví a věkových skupin (celkové kumulativní počty) 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 dle KHS podle okresu 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 podle okresu 1× denně
Přehled úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 podle okresu 1× denně
Kumulativní přehledy dle KHS a laboratoří
Celkový (kumulativní) počet vyléčených a celkový (kumulativní) počet úmrtí 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Celkový (kumulativní) počet provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) 1× denně
Přehledy dle KHS (validovaná data)
Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle KHS 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle pohlaví a věkových skupin (celkové kumulativní počty) 2× denně v 18.00 h a 1.00 h
Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 dle KHS podle okresu místa bydliště 1× denně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle KHS podle věkových skupin, pohlaví a kraje místa bydliště (týdenní přehledy) 1× týdně
Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 podle okresu 1× denně
Přehled úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 dle KHS podle věkových skupin, pohlaví a kraje místa bydliště (týdenní přehledy) 1× týdně
Přehled úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 podle okresu 1× denně
Přehled hospitalizací
Přehled hospitalizací osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří 1× denně
Přehled distribuce ochranného materiálu
Tabulkový přehled distribuovaného ochranného materiálu podle krajů ČR za Ministerstvo zdravotnictví dle potřeb aktuální situace

Odpovědi na často kladené otázky a odpovědi

Jaká data na webu najdu?

Jedná se o data zadávaná krajskými hygienickými stanicemi (KHS) ve spolupráci s laboratořemi a Ministerstvem zdravotnictví. Konkrétně jde o:

  • Kumulativní a denní počty osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
  • Celkový počet provedených testů dle hlášení Státního zdravotního ústavu
  • Přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle validovaných hlášení krajských hygienických stanic
  • Přehled hospitalizací pacientů s COVID‑19
  • Přehled nákupů a distribuce ochranného materiálu dle hlášení Ministerstva zdravotnictví

Kromě jednotlivých přehledu ve formátu grafů a tabulek jsou k dispozici také otevřené datové sady, které poskytují podkladová data pro zmíněné grafy.

Proč se denní počty osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 uvedené na webu mohou lišit?

Přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID-19 v sekcích 1 a 2 jsou založeny na hlášeních krajských hygienických stanic a pověřených laboratoří z důvodu nutnosti publikovat aktuální souhrnná data. Oproti tomu sekce 3 obsahuje pouze ověřené záznamy dle hlášení krajských hygienických stanic, kde probíhá validace a průběžné doplňování hlášení. Níže uvedené přehledy osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID-19 dle hlášení KHS a laboratoří jsou uváděny k datu hlášení do systému a historicky se tedy nemění (případné opravy tedy nejsou do již publikovaných výstupů promítnuty).

  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
  • Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a dle laboratoří a denní procentuální změna oproti dni předchozímu
  • Vývoj denního poměru (v %) počtu osob s nově prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)

U ostatních přehledů se z důvodu validace a průběžného doplňování údajů mohou data zpětně změnit.

Proč nejsou na webu publikovaná data o počtech testovaných osob místo počtů testů (včetně opakovaných)?

Agregované informace o celkových denních počtech provedených testů (bez rozdílu způsobu úhrady, tedy včetně samoplátců) je zasílán Státním zdravotním ústavem a následně publikován na webu. Centrální evidence všech jednotlivých provedených testů s možností odlišení jednotlivých osob nebyla zavedena od samého začátku provádění testování, zpočátku byly centrálně evidovány pouze pozitivní výsledky a výsledky kontrolních vyšetření, a to především z důvodů kapacitní vytíženosti laboratoří. Centrální informační systém infekčních nemocí (ISIN), který umožňuje detailní sběr informací o pacientech, je od zahájení epidemie kontinuálně rozvíjen, rozšiřován a doplňován. V první fázi byla věnována pozornost zajištění korektního zprocesování velkého objemu testů ve spolupráci s pověřenými laboratořemi a počty o počtech testovaných osob nebyly k dispozici pro každodenní zveřejňování na webu. ÚZIS ČR připravuje automatizovaný import těchto dat do ISIN, který umožní systematickou evidenci všech testovaných osob.

Informace o změnách a rozšířeních

  • Verze 1 (12. března 2020)
  • Verze 2 (28. března 2020)
    • Zveřejnění otevřených datových sad.
    • Částečně nový obsah sekcí, na základě nově validovaných datových sad, zejména se jedná o přehledy o hospitalizovaných pacientech.
    • Rozšíření grafických a tabelárních reportů.
    • Nová sekce Zprávy a prezentace obsahující krátké reporty určené zejména pro média, či obecně pro edukační účely.
  • Verze 3 (14. dubna 2020)
    • Přidání nových informačních karet
      • Aktuální počet hospitalizovaných s onemocněním COVID‑19
      • Aktuální počet osob s prokázaným onemocněním COVID‑19 (bez vyléčených a úmrtí)
    • Nový graf Přehled počtu osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Změna detailního přehledu zemřelých
  • Verze 4 (27. dubna 2020)
    • Nový graf Trendový profil epidemiologické situace
    • Nový graf Celkový (kumulativní) počet vyléčených a úmrtí
    • Rozšíření přehledu hospitalizací pacientů s COVID‑19 o grafový přehled za posledních 14 dní a kompletní přehled za celé období
    • Nová otevřená datová sada COVID‑19: Celkový (kumulativní) počet osob s prokázanou nákazou dle krajských hygienických stanic včetně laboratoří, počet vyléčených, počet úmrtí a provedených testů
  • Verze 5 (13. května 2020)
    • Zpětné doplnění a aktualizace denních počtů provedených testů dle hlášení pověřených laboratoří ve spolupráci se Státním zdravotním ústavem.
    • Nová sekce Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS
    • Vylepšení sekce Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19
    • Z důvodu srozumitelnosti a odstranění duplicitních přehledů byly spojeny dva samostatné grafy denních přehledů nakažených osob a provedených testů do jednoho grafu s názvem Přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Drobné korekce a modifikace popisných informací u jednotlivých přehledů
    • Úprava přepočtu v kartogramu Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 podle regionu
    • API (v2): Nové otevřené datové sady
      • COVID‑19: Přehled epidemiologické situace dle hlášení krajských hygienických stanic podle okresu
      • COVID‑19: Přehled vyléčených dle hlášení krajských hygienických stanic
      • COVID‑19: Přehled úmrtí dle hlášení krajských hygienických stanic
    • Nová struktura statických informačních stránek
    • Přidání užitečných odkazů na relevantní portály věnující se aktuální epidemiologické situaci
  • Verze 6 (19. května 2020)
    • Zpětná úprava grafů denních přehledů z důvodu zachování původní srozumitelnosti v reakci na často se opakující požadavky a podněty uživatelů
      • Přidání: Denní přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří
      • Přidání: Denní přehled počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
      • Odebrání: Přehled počtu osob s nově prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a laboratoří a počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby)
    • Nově přidané grafy přehledů dle KHS podle okresu
      • Přehled výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 dle KHS podle okresu místa bydliště
      • Přehled vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení KHS podle okresu
      • Přehled úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 podle okresu
    • Nový report COVID‑19: metodický rozbor (zemřelí) v sekci zprávy a publikace
  • Verze 7 (15. června 2020)
    • Změna struktury webového portálu s cílem zjednodušení, zpřehlednění a zdůraznění zásadních epidemiologických informací včetně doplnění nových přehledů a vizuální úpravy vybraných prvků
      • Přidání samostatné stránky Vysvětlení základních pojmů spojených s onemocněním COVID‑19
      • Rozšíření Přehledu výskytu laboratorně prokázaného onemocnění COVID‑19 podle regionu o kumulativní přehled za posledních 7 dní po okresech ČR
      • Přidání nového přehledu Vývoj podílu hospitalizovaných osob s laboratorně potvrzenou nákazou onemocněním COVID‑19 na celkovém počtu osob s aktuálně aktivním onemocněním COVID‑19
    • Odstranění přehledu Místo a země nákazy osob s COVID‑19 z důvodu aktuální nízké přidané informační hodnoty
    • Odstranění přehledu Celkový (kumulativní) počet osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a dle laboratoří a denní procentuální změna oproti dni předchozímu z důvodu aktuální nízké přidané informační hodnoty
    • Přidání zobrazení klouzavého průměru do grafu Vývoj denního poměru (v %) počtu osob s nově prokázaným onemocněním a celkového počtu provedených testů (včetně opakovaných testů u stejné osoby) a změna jeho typu ze sloupcového na čárový v kompletním přehledu za celé období
    • Aktualizace podkladové demografie pro výpočet přepočtu na 100 000 obyvatel (data ČSÚ 2019)
  • Verze 8 (1. července 2020)
    • Jelikož u publikovaných informací souvisejících s aktuální epidemiologickou situací způsobenou onemocněním COVID‑19 v ČR probíhá validace a průběžné doplňování hlášení, budou všechny přehledy nově pravidelně aktualizovány dvakrát denně v časech 00.30 h a 17.30 h. Toto opatření povede ke snížení počtu prováděných změn v datech z důvodu zpětné korekce a zajistí tak přesnější informace. Konkrétní časy aktualizací jednotlivých grafických výstupů naleznete na stránce Sběr, validace a publikace dat v záložce Aktualizace dat.
    • Přidání nového dokumentu do sekce Zprávy a publikace.
    • Doplnění informací do sekce Vysvětlení základních pojmů.
  • Verze 9 (14. července 2020)
    • Sloučení denního přehledu zemřelých a vyléčených v sekci Základní přehled do Přehledu vyléčených po onemocnění COVID‑19 a úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 dle hlášení KHS se zachováním totožných intervalů aktualizace na denní bázi.
    • Přesunutí přehledu o vyléčených a úmrtích podle krajů, věkových skupin a pohlaví z Přehledu vyléčených po onemocnění COVID‑19 a Přehledu úmrtí osob s onemocněním COVID‑19 do sekce Přehledy dle KHS (validovaná data) a změna intervalu aktualizace na týdenní bázi (přehledy jsou aktualizovány vždy jednou týdně ve středu v 17.30 h a obsahují data k předchozí neděli).
    • Přidání odkazu na otevřenou datovou sadu COVID‑19: Online dispečink intenzivní péče – volné kapacity dostupnou v Národním katalogu otevřených dat.
  • Verze 10 (29. července 2020)
  • Verze 11 (12. srpna 2020)
    • Přidání nového přehledu Vývoj denního poměru počtu osob s nově prokázaným onemocněním a aktuálního počtu osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19.
    • Přidání nové otevřené datové sady COVID-19: Základní přehled.
    • Změna času aktualizace dat z 0.30 na 1.00 a 17.30 na 18.00.
  • Verze 12 (21. srpna 2020)
    • Nové zdrojové podklady pro mapové přehledy krajů a okresů ČR.
    • Přidání nových datových sad určených pro prediktivní modelování, které jsou dostupné po registraci žadatele.
    • Odstranění přehledu Vývoj denního poměru počtu osob s nově prokázaným onemocněním a aktuálního počtu osob s laboratorně prokázaným onemocněním COVID‑19 v reakci na podněty návštěvníků webu a odsouhlasení vedením resortu.
  • Verze 13 (28. srpna 2020)
  • Verze 14 (9. září 2020)
    • Přidání textové informace do přehledových karet testů (včerejší přírůstek) a potvrzených případů (včerejší a dnešní přírůstek). Tyto informace jsou v souladu s nastavením aktualizace podkladových dat (testy 1× denně v 18.00 a pozitivní případy 2× denně v 1.00 a v 18.00).
    • Obohacení datové sady COVID-19: Základní přehled o výše uvedené doplňující atributy.
  • Verze 15 (29. září 2020)
    • Přidání nové sekce webu s názvem Krajské zpravodajství, kde jsou dostupné základní epidemiologické přehledy v rámci vybraného kraje ČR.
    • Přidání stručného regionálního náhledu na základní data o pandemii COVID‑19 v ČR podle vybraného kraje ČR s návodem na vložení do vlastních webových stránek.
    • Terminologická změna u informačních panelů o provedených testech a potvrzených případech (včera a dnes nahrazeno konkrétním datem).
  • Verze 16 (1. října 2020)
    • Nová pravidelně aktualizovaná datová sada na denní bázi s názvem COVID-19: Přehled epidemiologické situace dle hlášení krajských hygienických stanic podle obcí s rozšířenou působností (ORP) ve formátu 'CSV'.
    • Doplněná pravidelně aktualizovaná datová sada na denní bázi názvem COVID‑19: Online dispečink intenzivní péče – volné kapacity po krajích ČR ve formátu 'XLS'.
zpět na přehled COVID‑19