COVID-19 v ČR: Otevřené datové sady a sady ke stažení

Kumulativní a denní přehledy dle KHS a laboratoří

COVID-19: Celkový (kumulativní) počet provedených testů (v2)

Aktuální k 1. 12. 2020 v 18.04 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující přírůstkové a kumulativní denní počty provedených testů s rozlišením na prvotesty (počet testů v daném dni po korekci na opakované a kontrolní testy) a opakované testy u stejné osoby na onemocnění COVID-19 dle hlášení laboratoří. Datová sada nahrazuje předchozí verzi dostupnou na adrese https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v1/covid-19/ . Prvotesty jsou k dispozici od 1. srpna 2020 z důvodu úplnosti nahlášených dat jednotlivými laboratořemi na individuální úrovni. V předchozím období existuje riziko neúplnosti těchto individuálních dat a proto do 31. července vycházíme pouze z dat agregovaných, která však neumožňují složitější analytické výpočty.

Datová sada s diagnostickými testy na COVID-19 je od 16. 11. 2020 doplněna dle mezinárodních metodik ECDC, které kalkulují při výpočtu míry (%) pozitivních na počtu testů (test positivity rate) na celkový počet provedených testů RT-PCR (ECDC). Provedené doplnění datových sad reaguje na zahájení testování antigenními testy v ČR a zajišťuje shodu údajů s mezinárodně publikovanými daty, které ČR hlásí podle metodik ECDC do zahraničí. Jako testy určující denní počet nově diagnostikovaných případů jsou nadále uvažovány pouze testy primárně pozitivní.

Zásadním důvodem doplnění datové sady je zahájení testování antigenními testy v ČR, u kterých je opakované vyšetření PCR indikováno jako konfirmační a nelze jej v případě negativního výsledku nezahrnout do centrálních statistik. Datová sada zatím nezahrnuje výsledky samotných antigenních testů, o jejich začlenění bude rozhodnuto na základě mezinárodních doporučení, která budou v brzké době v tomto smyslu aktualizována. Nyní provedená úprava znamená, že do výpočtu indexu rizika 23. 11. 2020 byla zahrnuta 7denní časová řada počtu testů doplněných a odvozených dle výše citované ECDC metodiky, což vede k posunu výsledků míry (%) pozitivních na počtu testů (test positivity rate) oproti indexu rizika z 22. 11. 2020, který započítává pouze testy bez výše uvedených doplnění. Tato změna se promítá i do otevřených datových sad počtu testů umožňujících ruční výpočet indexu rizika.

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Celkový (kumulativní) počet osob s prokázanou nákazou dle krajských hygienických stanic včetně laboratoří (v2)

Aktuální k 2. 12. 2020 v 1.32 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující přírůstkové a kumulativní denní počty osob s prokázaným onemocněním COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic včetně laboratoří. Datová sada nahrazuje předchozí verzi dostupnou na adrese https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v1/covid-19/ .

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Celkový (kumulativní) počet osob s prokázanou nákazou dle krajských hygienických stanic včetně laboratoří, počet vyléčených, počet úmrtí a provedených testů (v2)

Aktuální k 2. 12. 2020 v 1.32 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující kumulativní denní počty osob s prokázaným onemocněním COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic včetně laboratoří, denní počty vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic, denní počty úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a hospitalizačních úmrtí, a denní počty provedených testů na onemocnění COVID-19 dle hlášení laboratoří. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob a úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování. Datová sada nahrazuje předchozí verzi dostupnou na adrese https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v1/covid-19/ .

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Základní přehled

Aktuální k 2. 12. 2020 v 1.32 h
Typ: Otevřená datová sada

Stručný náhled na základní data o pandemii COVID-19 v ČR.

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Přehled epidemiologické situace dle hlášení krajských hygienických stanic podle ORP

Aktualizace: 2× denně v 18.00 h a 1.20 h
Typ: Otevřená datová sada

Obsahem je komplexní přehled základních epidemiologických parametrů (počty diagnostikovaných osob s COVID-19, počty aktuálně nakažených, hospitalizovaní pacienti) se zaměřením na seniorní zranitelné skupiny obyvatel (kategorie věku 65+, 75+) na geografické úrovni obcí s rozšířenou působností (ORP).

CSV CSV schema JSON JSON MIN

Přehledy dle KHS

COVID-19: Přehled osob s prokázanou nákazou dle hlášení krajských hygienických stanic (v2)

Aktuální k 2. 12. 2020 v 1.32 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující základní denní incidenční přehled osob s prokázanou nákazou COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic (datum hlášení, věk a pohlaví nakažené osoby, KHS, informace o místě a zemi nákazy). Datová sada nahrazuje předchozí verzi dostupnou na adrese https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v1/covid-19/ .

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Přehled epidemiologické situace dle hlášení krajských hygienických stanic podle okresu

Aktuální k 2. 12. 2020 v 1.32 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada podle krajů a okresů ČR obsahující kumulativní denní počty osob s prokázaným onemocněním COVID-19 dle validovaných hlášení krajských hygienických stanic, kumulativní denní počty vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a kumulativní denní počty úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a hospitalizačních úmrtí. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob a úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování. Datová sada je z důvodu validace záznamů krajskými hygienickými stanicemi zveřejňována s týdenním zpožděním.

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Přehled vyléčených dle hlášení krajských hygienických stanic

Aktuální k 22. 11. 2020 v 23.59 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující záznamy o vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování. Tento přehled je aktualizován vždy jednou týdně ve středu a obsahuje data k předchozí neděli.

CSV CSV schema JSON JSON MIN

COVID-19: Přehled úmrtí dle hlášení krajských hygienických stanic

Aktuální k 22. 11. 2020 v 23.59 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující záznamy o úmrtích v souvislosti s onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic. Zahrnuje úmrtí osob, které byly pozitivně testovány na COVID‑19 (metodou PCR) bez ohledu na to, jaké byly příčiny jejich úmrtí, a k jejichž úmrtí došlo v rámci hospitalizace či mimo ni. S ohledem na fakt, že vykazování úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování. Tento přehled je aktualizován vždy jednou týdně ve středu a obsahuje data k předchozí neděli.

CSV CSV schema JSON JSON MIN

Distribuce ochranného materiálu

COVID-19: Přehled distribuce ochranného materiálu dle krajů ČR (v2)

Aktuální k 15. 6. 2020 v 17.37 h
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada obsahující aktuální přehled o počtech kusů ochranného materiálu k danému dni, který byl distribuován do jednotlivých krajů v ČR (brýle, dezinfekce, roušky, respirátory, ...). Datová sada nahrazuje předchozí verzi dostupnou na adrese https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v1/covid-19/ .

CSV CSV schema JSON JSON MIN Tabulkový přehled

COVID‑19: Další datové sady

COVID‑19: Online dispečink intenzivní péče – volné kapacity

Aktualizace: 1× denně
Typ: Otevřená datová sada

Datová sada podle krajů ČR obsahující denní přehledy změn volných kapacit v nemocnicích akutní péče (celkové počty dostupných přístrojů a lůžek společně s volnými kapacitami v jednotlivých dnech) v souvislosti se šířením nákazy onemocnění COVID-19. Datová sada obsahuje přehledy o přístrojové technice (ECMO, UPV, CRRT, IHD, ventilátory - přenosné a operační sál) a obsazenosti lůžek (pouze lůžka za ARO+JIP dospělí a standardní lůžka s kyslíkem za celou nemocnici). Pravidelně jsou aktualizovaná lůžka, která umožňují poskytování daného typu péče, tj. mají nezbytný personál a odpovídající materiálně technické zabezpečení. Definování nezbytného počtu personálu pro daný typ lůžka se může mezi jednotlivými nemocnicemi lišit.

CSV CSV schema Přehled kapacit lůžkové péče (XLSX a report) Datová sada (1. vlna) *

* Tento přehled je za období od 11. dubna 2020 do 4. května 2020, kdy docházelo v rámci první vlny epidemie k aktualizaci dat na denní bázi. Poté byla s ohledem na následný stav šíření nákazy onemocněním COVID-19 povinnost aktualizace dat rozvolněna do týdenních intervalů. V říjnu 2020 jsou data podle krajů ČR publikována na denní bázi.


COVID‑19: Datové sady pro prediktivní modelování

Aktualizace: 2× denně v 00.30 h a 17.30 h.
Typ: Datová sada ke stažení

Pro účely návrhu a vývoje prediktivních modelů jsou k dispozici po odeslání oficiální žádosti o zpřístupnění následující datové sady: (i) Pozitivita, vyléčení a zemřelí na úrovni okresů; (ii) Časová efektivita testování; (iii) Opakované testování pozitivních pacientů; (iv) Hospitalizovaní pacienti. Informace o poslední aktualizaci (formát data s časovou identifikací) je uvedena v názvu každého souboru po jeho stažení.

Po schválení žádosti na straně Ministerstva zdravotnictví ČR získá uživatel přístup k oficiálním datovým sadám s garantovaným obsahem. Tato data lze získat i z jiných, neoficiálních zdrojů, nicméně MZ ČR ani ÚZIS ČR v tomto případě negarantují správnost dat a nepřebírají odpovědnost za jejich použití.

Žádost o zpřístupnění datových sad

COVID-19: Datové sady pro regiony ČR: Epidemiologické charakteristiky obcí

Aktualizace: 1× denně
Typ: Datová sada ke stažení

Obsah datových sad na úrovni obcí zahrnuje základní epidemiologické parametry (počty diagnostikovaných osob s COVID-19, počty aktuálně nakažených), které umožní průběžně sledovat základní epidemiologické ukazatele a vyhodnocovat trendy na pozadí dat publikovaných pro celou ČR.

Na základě informací z některých malých obcí eviduje správce systému ISIN problémy s přiřazením bydliště obyvatel. Jde o chybu ztotožňování bydliště v reálném čase u minority případů, kdy není uvedeno bydliště z šetření KHS a jsou dostupná pouze data z laboratoří. Bydliště je správně určeno na úrovni kraje a okresu, ale došlo k chybnému přiřazení osob ke konkrétní obci. Případy podle všeho patří do velkých měst, a drobné obce byly přiřazeny omylem.

Dalším problémem může být přiřazení správného trvalého bydliště k dané obci u pacienta, který avšak v obci nepobývá (pouze je tam přihlášen k pobytu) a jeho diagnóza i léčba probíhá jinde. Správce i provozovatel ISIN děkují vedení obcí za zpětnou vazbu, neboť jinak takové chyby nelze odhalit. Publikování dat na úrovni obcí bylo vedeno snahou o bezbariérový informační servis – tato data jsou nyní ve spolupráci se správou základních registrů zpětně validována. Nejde o chyby velkého rozsahu, nicméně je nutné je dořešit. Pro starosty všech obcí je nově připravený nový internetový dashboard, který umožní rychlou zpětnou kontrolu správnosti.

CSV

COVID‑19: Protiepidemický systém ČR (PES)

Aktualizace: 1× denně
Typ: Datová sada ke stažení

Datová sada obsahuje indexy rizika včetně všech hodnot klíčových ukazatelů pro jeho výpočet (14denní počet nově pozitivních (na 100 000 obyvatel), 14denní počet nově pozitivních (na 100 000 obyvatel ve věku od 65 let), zjednodušený výpočet reprodukčního čísla, průměrná pozitivita testů za posledních 7 dní).

CSV